À partir du XVIIe siècle, un petit nombre de musulmans arrivèrent aux Pays-Bas en provenance de l'archipel indonésien. Aux Pays-Bas même, l'islam ne devint un mouvement important que dans la seconde moitié du XXe siècle. Selon l'enquête sur la population active du CBS, environ 4,9 % des résidents âgés de 18 ans et plus se considéraient musulmans en 2015 ; selon le SCP, qui se réfère à la même étude, la part des musulmans dans la catégorie des 15 ans et plus serait de 6 % et le pourcentage dans les tranches d'âge plus jeunes est probablement plus élevé. Cela fait de l'islam la religion la plus répandue aux Pays-Bas après le christianisme. Dans les années 1960, les premiers travailleurs immigrés turcs et marocains arrivèrent, fondèrent leurs propres mosquées et demandèrent des congés pour les fêtes musulmanes. La communauté marocaine construisit la première mosquée des Pays-Bas, la mosquée Al Kabir à Amsterdam. Puis la communauté turque construisit la troisième mosquée du pays, la mosquée Yunus Enre à Almelo. En 1963, les premiers rapports faisant état de conversions de Néerlandais de souche aux Pays-Bas sont apparus. On estime qu'environ 300 Néerlandais y étaient présents. Selon les estimations, le nombre de Néerlandais de souche convertis en 2019 était d'environ 21 000. Dans les années 1960, le regroupement familial était réglementé par la loi. En 2018, on comptait 52 écoles primaires islamiques et quatre établissements secondaires (le Collège islamique d'Amsterdam depuis 2001 et la Scholengemeenschap islamique Ibn Ghaldoun de Rotterdam depuis 2000, etc.). Une étude a montré qu'il existait une demande pour au moins une centaine d'écoles primaires. Depuis le milieu des années 1990, il existe deux universités islamiques (non reconnues par le gouvernement), tandis qu'en 2005, on comptait au moins quatre instituts d'enseignement supérieur islamiques non officiels. En 2020, on comptait 475 mosquées aux Pays-Bas. En avril 2018, la mosquée turque Sainte-Sophie a été élue plus beau bâtiment d'Amsterdam par les Amsterdamois.

Jusqu'en 2007, l'Office national de la statistique (CBS) prévoyait que le nombre de musulmans aux Pays-Bas dépasserait le million en 2006. On estime qu'il y avait 944 000 musulmans aux Pays-Bas fin 2004, dont 6 000 Néerlandais de souche. Le nombre de musulmans non natifs a été estimé en utilisant le pourcentage de musulmans dans le pays d'origine. Selon des estimations plus récentes, établies à partir d'enquêtes POLS, l'Office national de la statistique est arrivé à 877 000 musulmans en 2005 et 837 000 en 2006. Le nombre de musulmans a ensuite continué de baisser pour atteindre environ 825 000 en 2008, soit environ 5 % de la population. Les fluctuations de ces chiffres sont probablement liées aux importantes marges de fiabilité des échantillons. On ne s'attend pas à ce qu'il y ait un million de musulmans avant 2022-2023. Les estimations du nombre de musulmans en 2050 varient selon les valeurs initiales et le scénario migratoire appliqué : en 2017, AtlasBridges envisageait une croissance pouvant atteindre 15 % si les crises de réfugiés devaient se poursuivre. Ces études concluent généralement que le nombre de fidèles de l’islam aux Pays-Bas est en augmentation. Depuis 2015, les musulmans marocains constituent le groupe le plus important parmi les musulmans des Pays-Bas, avec environ 355 883 personnes, suivis des musulmans turcs avec près de 325 000 personnes. Parmi les « autres immigrants non occidentaux », les Surinamiens constituent le groupe le plus important avec 34 000 personnes, suivis des Afghans avec 31 000 et des Irakiens avec 27 000. Le nombre de fidèles de l’islam autochtones a été estimé par Statistics Netherlands en 2007 à environ 12 000, mais ce nombre inclut également les immigrants de troisième génération.